Sólo un año después, el Málaga consiguió volver a la élite del fútbol español tras nueve años fuera de ella (desde cuando descendió el CD Málaga), de mano del presidente Fernando Puche y el técnico Joaquín Peiró. Arzamendia (Cerro Porteño), Tomás Alarcón (O’Higgins), Haroyan (Astana) y Osmajic (Sutjeska Niksic) son algunos de los fichajes del equipo gaditano en su segunda temporada consecutiva en Primera. En la temporada 1999/2000 (el debut en la máxima categoría), el club, lejos de pasar apuros para permanecer en Primera mostró un gran fútbol para ser un recién ascendido, e incluso derrotó al FC Barcelona en el Camp Nou (1-2), consiguiendo la permanencia a cuatro jornadas del final. Málaga tuvo que desaparecer por problemas económicos, pudo seguir bajo la denominación de su filial, Atlético Malagueño, gracias a que en la Federación Española de Fútbol tenían número de registro independiente, por lo que éste pudo asumir el relevo del hasta ese momento equipo representativo de la ciudad. El nombre inicial acabaría paulatinamente perdiendo el prefijo de “Sociedad Deportiva” a finales de los años 20, posteriormente tras la guerra y a partir del 20 de diciembre de 1940 se haría público un Decreto-Ley por el cual se debían eliminar todos los extranjerismos de los nombres de los clubs españoles, por lo que la Real Federación Española de Fútbol emitió una circular en la que ordenaba a los clubes la eliminación de todo extranjerismo antes del 1 de febrero de 1941, el Vélez Foot-Ball Club, bajo el mandato de D. Fernando Vivar Marín, pasaría a denominarse Vélez Club de Fútbol.
En vísperas de la Eurocopa 2016, el Villarreal, junto al F. C. Barcelona, fueron los dos únicos clubs con representación en todas las categorías de la selección española de fútbol (sub-17, sub-19, sub-21 y absoluta). En el caso de las categorías profesionales (Primera y Segunda División), los clubes también deben cumplir los requisitos exigidos por la Liga Nacional de Fútbol Profesional. La televisión le aporta más de un millón de euros anuales a la LNFS para repartir entre sus clubes. ↑ Los clubes madrileños disputaba únicamente algunos encuentro amistosos entre sus jugadores o contra otros equipos de la capital durante los fines de semana ya que no existían aún competiciones. Y por último la apertura de la sede social oficial en el Centro Comercial Vialia-Estación María Zambrano, el Málaga CF Sports Bar, lugar de encuentro de los aficionados y de proyección de los encuentros del equipo. También se fichó al lateral portugués Luis Martins procedente del Gil Vicente FC. Finalmente, el equipo cayó en los penaltis frente al Boavista portugués. Tras una angustiosa temporada (2009/10), el equipo consiguió la permanencia en la última jornada de liga, el 16 de mayo de 2010, después de empatar con el Real Madrid en La Rosaleda.
Finalmente, el equipo andaluz certificó su salto a la segunda categoría del fútbol español el 28 de junio de 1998, después de ganar al Terrassa en la última jornada por 4-1 con goles de Pablo Guede (3) y Merino. Con ello, se convirtió en el primer club andaluz en conseguir un título oficial europeo. Santo Tomás para convertirlo en su filial, bajo el nombre de Club Atlético Malagueño. Como filial, el C.A. Malagueño debería haber sido descendido. Sin embargo, la estrategia confirió a la liga un aura de jubilación dorada y poco atractivo para el aficionado, una etiqueta que lucha por quitarse, como demuestra la cada vez más frecuente llegada de futbolistas desde Europa a edades más tempranas e incluso su capacidad para fichar jóvenes talentos de Latinoamérica que antes sólo contemplaban cruzar el Atlántico. En cambio, el Athletic solo venció tres de sus 17 juegos como visitante ante el Getafe. El 28 de marzo de 2009, el Málaga Club de Fútbol disputó un partido benéfico en La Rosaleda ante 5.000 espectadores donde se recaudaron 24.000 euros en beneficio de las víctimas de los daños causados por el Tornado de Málaga del 2009. El rival del Málaga fue un equipo formado por antiguos jugadores del club, en activo o retirados, llamado “Leyendas Malaguistas” y dirigido por el antiguo entrenador Joaquín Peiró.