La violencia en el fútbol es casi tan antigua como el deporte mismo. Estos partidos son considerados en ocasiones como de «alto riesgo» por parte de la policía, destacándose el fallecimiento de Héctor Da Cunha por hinchas aurinegros. Los andaluces son los que finalmente ascienden. El presidente Juan Carlos Barriocanal decide fichar a un director deportivo, Juan Manuel Barroso, una figura que es un lujo innecesario para esta categoría. Sin embargo una temporada después (88-89) se desciende a Segunda división. En la temporada 2006/07, Gonzalo Arconada es el entrenador y se prepara un equipo con ilusiones de ascenso. Es en la temporada 2000/01 y con Carlos Terrazas en el banquillo, el equipo consigue ascender a la Segunda División. Carlos Terrazas retorna al banquillo burgalés y se consigue hacer un equipo competitivo en pocos días. Félix Arnáiz Lucas comienza la temporada en el banquillo manteniendo al equipo en la zona media pero a la directiva no le convence y es sustituido por el entrenador del filial por aquel entonces, Alberto González, que no consigue mejorar los resultados y acaba presentando la dimisión.
Para la temporada 1996/97 en Tercera División, se confía el banquillo al entrenador Martínez Lobato quien se encargaría de llevar al equipo hasta la Segunda División B en junio de 1997 en la localidad asturiana de Villaviciosa. En la temporada 2003/04, ya en el grupo II, el equipo acaba en quinta posición y no consigue clasificarse para la fase de ascenso, cosa que sí conseguiría en la temporada 2004/05. Con Fede Castaños en el banquillo, el equipo es eliminado en la primera eliminatoria del play off de ascenso por el Conquense. El equipo acaba subcampeón del grupo II y en el play off de ascenso elimina al Alcoyano en los penaltis en la primera eliminatoria pero no puede hacer lo mismo en la segunda y definitiva eliminatoria ante el filial Sevilla Atlético, quedando eliminado el cuadro burgalés con un gol en la prórroga (1-0 gol de Lolo) en un partido disputado en el estadio Sánchez Pizjuán. El ascenso llega gracias al recordado tanto de Dani Pendín contra el CD Orense en la jornada 5 de la liguilla, partido disputado en el Estadio Municipal de El Plantío. El broche de oro a la temporada llegó con el ascenso a Segunda División B tras eliminar a la UD Lanzarote en el play off de ascenso, en un Estadio Municipal de El Plantío que vibró con su equipo como hacía muchos años que no lo hacía.
La temporada 2015/16, el equipo es dirigido por Ángel Viadero, que hace las veces tanto de entrenador como de director deportivo. Debido a las sanciones internacionales contra Yugoslavia por la guerra de los Balcanes, la UEFA anunció el 31 de mayo de 1992 -diez días antes del torneo- que la selección yugoslava quedaba excluida y su plaza pasaba a los daneses como segundos de grupo. Quintano Vadillo es sustituido por Bárcena Castrillo en la presidencia y es el 24 de mayo de 1983 cuando en Junta General Extraordinaria presidida por Miguel Jerez, decide la disolución del club. El equipo realiza entonces un magnífico mes de enero en el que consigue 10 puntos en 4 partidos y la nueva junta directiva incorpora tres jugadores importantes. Tras cuatro temporadas consecutivas en Primera División, el club desciende en la temporada 1979/80. En estas dos últimas temporadas del equipo en la élite, caben destacar jugadores como el centro campista Miguel Ángel Portugal o el defensa Antonio García Navajas, quienes también ficharon posteriormente por el Real Madrid.
En la temporada 2009/10, el Burgos CF ganó su séptimo título de campeón de Tercera División. La siguiente temporada 1982/83, ya en Segunda División B, el equipo queda 3º del grupo I pero la situación económica es insostenible. La temporada 2011/12 en Segunda División B fue nefasta para el club. Creímos que podíamos hacer las cosas mejor para los intereses del club. UD Melilla, Elche CF y Universidad de Las Palmas son los rivales. En la liguilla de ascenso, CD Mensajero, camisetas de futbol Real Murcia y Granada CF son los rivales. Los pimentoneros son los que finalmente ascienden. Pérez pone como ejemplo visual la pirámide del desarrollo humano, diseñada por los psicomotricistas Alfonso Lázaro y Pedro Pablo Berruezo: “El desarrollo motor, con el desarrollo sensorial previo, son la base del desarrollo integral de un niño. Fueron diez años de éxitos para el club en todos los órdenes, tanto en el terreno futbolístico como en las secciones deportivas. Inglaterra tiene un sistema de campeonato principal (la Premier League) y luego varias copas en las que participan equipos de distintas divisiones. Rey D. Alfonso XIII, preámbulo del Campeonato de España, perdiendo la final ante el Club Vizcaya -combinado entre Athletic Club y Bilbao F.C.- por 1-2. La afición barcelonista va creciendo y en 1903 conquistan el Campeonato Regional, inscribiéndose el 5 de enero de ese mismo año en el Registro de Asociaciones para formalizar su situación en el Gobierno Civil.
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